İnek Dışkısından Anaeorobik Gut Fungus İzolasyonu, Saflaştırılması ve Moleküler Tanımlanması
Özet
Anaerobik gut fungusları (AGF) ruminant herbivorlarda sindirim sisteminin en gelişmiş bölmesi olan
retikulo-rumen kısmında, tek midelilerde ise kalın bağırsağın sindirim açısından en fazla evrilmiş
bölümü olan sekumda yaşam alanı bulmaktadırlar. Orpin tarafından 1975 yılında ilk geçerli
tanımlanmalarından buyana farklı hayvan ve coğrafik sistemlerden 18 cins ve bunların altında 25 den
fazla tür rapor edilmiştir. Herbivorların sindirim sistemlerinin en önemli mikrobiyal gruplarından
birini oluşturan AGF morfolojik yapılarına göre filamentli funguslar ve küresel thallusa sahip
(Bulbous body) funguslar olarak iki temel gelişim gösterirler. Nükleik materyalin fungusun hangi
bölgelerinde bulunmasına bağlı olarak polisentrik (çok merkezli) ve monosentrik (tek merkezli) üreme
yapılarına sahip olan bu mikroorganizmalar üretmiş oldukları zoosporların tek kamçılı mı (≤4) yoksa
çok kamçılı mı (kamçı sayısı >4) olduklarına göre de taksonomik olarak kendi içlerinde ayrışırlar. Bu
tip morfolojik verilerin yanı sıra DNA analizi temelli moleküler yöntemler filogenetik ağaçlar ve daha
robüst bir taksonomik yapı oluşturulması amacıyla son yıllarda yaygın olarak kullanılmaya
başlanmıştır. Bu çalışma kapsamında doğal ortamından AGF izolasyonu, morfolojik tanımlaması ve
moleküler karakterizasyonu amaçlanmıştır. Bu doğrultuda toplanan inek dışkısı Most probable number
(MPN) temelli 10 kat seyreltmelerle Karbon kaynağı olarak buğday samanı içeren anaerobik besi
ortamında 370C’de inkübasyona tabi tutulmuştur. Işık mikroskobu altında gelişim gösterdiği tespit
edilen tüplerden AGF izolatları Roll tüp metodu kullanılarak saflaştırılmıştır. Hungate tarafından
geliştirilen indirgenmiş ve antibakterial antibiyotik karışımı içeren anaerobik besi yeri kullanılarak
kültüre alınmış olan saf izolat ilk aşama olarak morfolojik tanımlamaya tabi tutulmuştur. Filamentli
thallus yapısı, polisentrik üreme karakteristiği ve zoosporlarının çok kamçılı olmaları gibi temel
özellikleri dikkate alınarak Orpinomyces sp olarak tanımlanan izolat GMLF13 olarak adlandırılmış ve
laboratuarımız kültür koleksiyonuna dahil edilmiştir. Orpinomyces sp GMLF13’ün genomik DNA sı
phenol/choloroform yöntemiyle ekstrakte edilmiş ve universal primerler kullanılarak Internal
Transcribed Spacer (ITS) bölgesi polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yardımıyla amplifiye edilmiştir.
P. 652
Bu bölgenin gen dizi analizi çıkarılmış ve MEGA 7 programı kullanılarak GENBANKta rapor edilmiş
olan AGF gen dizileriyle karşılaştırılarak izolatın Orpinomyces sp. olduğu moleküler olarak teyit
edilmiştir. Son aşamada ise çalışma kapsamında izole edilip saflaştırılmış olan GMLF13
GENBANKta yer alan diğer Orpinomyces gen dizileri ile karşılaştırmalı olarak analiz edilerek
aralarındaki polimorfizm ve benzerlik oranları belirlenmiştir.
Anahtar kelimeler: Anaerobik gut fungus, filogenetik, Orpinomyces, rumen
Atıf için künye
Yazdıç, F. C., Uzdil, B., Ekinci, K., & Hamam, N. (2019). İnek Dışkısından Anaeorobik Gut Fungus İzolasyonu, Saflaştırılması ve Moleküler Tanımlanması. 5.Avrasya Uluslararası Uygulamalı Bilimler Kongresi, Adana (ss. 459).
BibTeX
@inproceedings{yazdic2019-292041,
author = {Yazdıç, Ferit Can and Uzdil, Büşra and Ekinci, Kübra and Hamam, Nebal},
title = {İnek Dışkısından Anaeorobik Gut Fungus İzolasyonu, Saflaştırılması ve Moleküler Tanımlanması},
booktitle = {5.Avrasya Uluslararası Uygulamalı Bilimler Kongresi},
address = {Adana},
year = {2019},
pages = {459},
url = {https://akademik.atauni.edu.tr/yayinlar/292041-inek-diskisindan-anaeorobik-gut-fungus-izolasyonu-saflastirilmasi-ve-molekuler}
}